
蒙元时期,佛教、道教、基督教、伊斯兰教等纷纷移植蒙古族聚居区,有的烟火颇为兴隆,然而主要是在上层社会流传,蒙古族大众仍信奉原始宗教萨满教,很少受它们的影响。1368年元室北迁,许多外来宗教绝迹,藏传佛教仅一息尚存,伊斯兰教在西蒙古留有某些影响,萨满教的地位更加突出。直至16世纪末藏传佛教黄教传人以前,萨满教不仅是蒙古人上至贵族下及牧民的基本信仰,而且在政治、军事及至生活习俗中发挥着重要作用。蒙文《内齐托音一世传》说,在蒙古东部地区“那些被本世间用武力或思想统治的人,完全崇仰腾格里天神、翁衮的模拟象、家神和男女萨满。”
萨满教相信万物有灵,相信已经死去的祖先和其他人的灵魂不灭。这些精灵有善有恶。萨满教的主要“功能”就是请求所崇拜的善的精灵去战胜邪恶势力,对付疾病和灾难,以保护人们的健康和财产。岷峨山人苏志皋的《译语》说:“胡俗畏鬼神,信占卜。段成式日:突厥事袄神,无祠庙,刻毡为形,盛于皮袋,行动之际,以脂苏涂之,或系于竿上,四时祭之。至今尚然。许赛神马即不敢偷;相欺诳,怵以鬼神,则悚仄不宁。”所谓“刻毡为形”,实际上不限于毛毡,皮、丝绸、布料、木头、铁片等均可作为原料,刻制成不完整的人形,被称为“翁衮”。翁衮寄寓着保护神的精灵。太阳、月亮、山川、部落、祖先等均有翁衮,悬于帐幕或竿头,作为供祭的偶像,祈求保护。
在萨满教所崇奉的万神中,腾格里天神是非常古老、重要而又广为人知的神灵。《译语》说:“虏称天为腾格力,极知敬畏。每闻雷声坑磕,辄走匿,瞑目屏息,若将击己。”《北虏风俗·禁忌》亦说:“天阴雷鸣,震死头畜,为大不祥,则以酒食禳之。”和蒙元时一样,封建主也都将自己的事业与天联在一起。土木之变也先说,“我每问天上求讨大元皇帝一统天下来”;一个叫乃公的头目说,俘虏英宗是“上天可怜见那颜上,恩赐与了到手里”;伯颜帖木儿则日,“大明皇帝是云端里的皇帝,上天不知因那些怪怒他,推下来”。都归之于上天。